Ce qui décide du classement de tes produits, c'est la boucle "produitsfavoris", et pas la boucle produit. Si produitfavoris ne propose pas de classement par titre, "you've got it in the Baba", comme on dit en Patagonie occidentale.
Une solution pas trop moche (mais un peu quand même), consiste a construire une liste des produits dans la boucle produitsfavoris, et a passer cette liste après coup à la boucle produit, qui les classera tout bien comme il faut :
<THELIA_favoris type="produitsfavoris">
#SET{idprod,#GET{idprod,0},#PRODUIT}
</THELIA_favoris>
<THELIA_prod type="produit" id="#GET{idprod}" classement="titre">
<li>#TITRE</li>
</THELIA_prod>
La solution à ta question subsidiaire est triviale: il suffit d'imbriquer une boucle produit dans une boucle rubrique.