Ok, vidé.
Maintenant j'ai accès au FO mais uniquement la page d'accueil, dès que je change de page, j'ai :
The requested URL /var/www/sites/www.mon-site.net/web/index.php was not found on this server.
Et pour le BO, toujours pareil, si je fais www.mon-site.net/web/admin, j'ai le même message, même après avoir vidé les caches DEV, PROD et mon navigateur.